Para tales efectos la FEP constituye su propio gobierno estudiantil, representado bajo la figura de la Mesa Ejecutiva de la Federación, de elección anual. Dicha Mesa, es la encargada de coordinar y articular el trabajo y las energías de los estudiantes. La Mesa Ejecutiva trabaja coordinadamente con los Centros de Estudiantes o Vocerías quienes representan la voz de los estudiantes de cada carrera. La confluencia de estos representantes se da dentro del Pleno de Federación, instancia de máxima resolución de la FEP presidido por la Mesa Ejecutiva, donde se discuten, se critican, se construyen y se deciden las posturas o tareas asumidas por el estudiantado de la Universidad; decisiones que la Mesa Ejecutiva toma como suyas y trabaja por llevar acabo en su totalidad.
El trabajo de la Mesa y de los Centros de Estudiantes y Vocerías se respalda fundamentalmente en las bases, es decir, en los compañeros de las distintas carreras que participan directamente en las Asambleas y organizaciones por Carrera, quienes finalmente son quienes deciden las posturas generales, para ser presentadas en instancias internas y externas.
La Federación de Estudiantes del Pedagógico participará activamente de la Confederación de Estudiantes de Chile (CONFECH), organismo que agrupa a las Universidades del Consejo de Rectores, organizadas en Federaciones de elección democrática.
